Početkom agresije na Republiku Hrvatsku, Luka Ploče i sama postaje meta neprijateljskih napada s mora i iz zraka. Ratnim vihorom i faktičnim prestankom proizvodnje u Bosni i Hercegovini, Luka Ploče morala je raditi smanjenim kapacitetima, ali se i u takvim uvjetima uspjela održati proširujući svoje djelatnosti.